Program Innowacyjna Gospodarka realizowany będzie z środków Unii Europejskiej oraz budżetu państwa.
Alokacja na Program Innowacyjna Gospodarka wynosi ogółem 10 186 030 644 euro, w tym 8 658 126 047 euro z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego.

Procent wsparcia beneficjentów Programu:

UWAGA: Powyższy procentowy podział wsparcia beneficjentów odnosi się do kwoty 9 711,6 mln euro, tj kwoty środków publicznych zaangażowanych w realizację Programu, przed zatwierdzeniem w dniu 22 grudnia 2011 r. zmian w Programie, powodujących zwiększenie puli środków o dodatkowe 403 240 767 euro. Zaprezentowanie nowego podziału procentowego będzie możliwe po zatwierdzeniu, przez Komitet Monitorujacy Program, podziału dodatkowej alokacji na poszczególne działania w ramach priorytetów: 1. Badania i rozwój nowoczesnych technologii, 3. Kapitał dla innowacji, 4. Inwestycje w innowacyjne przedsięwzięcia, 5. Dyfuzja innowacji i 7. Społeczeństwo informacyjne – budowa elektronicznej administracji.