W systemie wdrażania główną instytucją nadzorującą realizację Programu i zarządzającą Programem jest Instytucja Zarządzająca, której rolę pełni Departament Zarządzania Programami Konkurencyjności i Innowacyjności w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego.
Duża część zadań – w celu sprawnej realizacji Programu - została przekazana na zasadzie delegacji uprawnień Instytucjom Pośredniczącym.
Funkcje trzech Instytucji Pośredniczących dla Programu pełnią:
a) minister właściwy do spraw nauki (dla osi priorytetowych 1. i 2.).
Obecnie funkcję tę pełni Departament Wdrożeń i Innowacji w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego,
b) minister właściwy do spraw gospodarki (dla osi priorytetowych 3, 4, 5 i 6).
Obecnie funkcję tę pełni Departament Funduszy Europejskich w Ministerstwie Gospodarki,
c) minister właściwy do spraw informatyzacji (dla osi priorytetowej 7 i 8).
Obecnie funkcję tę pełni Departament Informatyzacji (dla osi priorytetowej 7) oraz Departament Społeczeństwa Informacyjnego (dla osi priorytetowej 8) w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych i Administracji.
Instytucjami podległymi dla Instytucji Pośredniczących są Instytucje Wdrażające (inaczej Instytucje Pośredniczące II stopnia) w łącznej liczbie sześciu instytucji, tj. Ośrodek Przetwarzania Informacji, Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, Władza Wdrażająca Programy Europejskie, Polska Organizacja Turystyczna, Bank Gospodarstwa Krajowego oraz Departament Wdrażania Programów Operacyjnych w Ministerstwie Gospodarki.
Pełne dane kontaktowe do w/w. instytucji dostępne są w: zakładce Instytucje w Programie 
, natomiast szczegółowy opis zadań jest dostępny w zakładce Kompetencje instytucji
Opis systemu wdrażania Programu opisany jest szczegółowo w rozdziale 6 podstawowego dokumentu, tj Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, 2007-2013
Schemat systemu wdrażania Programu Innowacyjna Gospodarka (104 KB) 